L’église d’El Salvador est l’un des temples qui rassemble les vestiges romains et wisigoths les plus tardifs parmi ses murs. À l’origine, à partir du 9ème siècle, c’était une mosquée. Il conserve encore un clocher sur son ancien minaret, en plus des vestiges d’une cour aux arcades arabes, et un remarquable pilastre de l’époque paléochrétienne ou wisigothique qui montre des scènes de la vie du Christ. Elle a été convertie en église sous la dédicace de San Salvador au 12ème siècle, sous le règne d’Alphonse VII.
De la fin du Moyen Âge à nos jours, elle a subi d’importantes vicissitudes, telles que divers incendies et pillages par les troupes napoléoniennes. Il finirait par devenir un temple filiale de l’église de Santo Tomé.