Ce pont aurait été érigé pour en remplacer un autre, dont il reste encore en aval, qui a été détruit en 1203 par une forte crue de la rivière. Il a donné son nom à la paroisse aujourd’hui disparue de San Martín de Tours, qui était très proche.
La guerre civile entre Pedro I et son demi-frère Enrique de Trastámara a subi des dommages importants, car les partisans du premier ont intentionnellement détruit une partie du pont pour empêcher l’accès des partisans de Trastamara à la ville. C’était en 1368.
La paix rétablie, et avec l’archevêque Pedro Tenorio dans la chaire épiscopale, sa restauration a eu lieu.
Déjà au XVIe siècle, la tour intérieure était achevée, à laquelle s’ajoutaient les armoiries de la ville avec l’aigle bicéphale flanqué de deux rois assis.
Le long du pont, il y a différentes inscriptions qui parlent des réformes menées entre les années 1690 et 1790 qui lui ont donné l’aspect qu’il maintient aujourd’hui.
Il a été déclaré monument national en 1921.
