Se creía hasta hace no muchos años que el origen de este puente era árabe, aunque posteriormente se ha demostrado su construcción en época romana. Originalmente tenía tres arcos, aunque el de la margen izquierda fue destruido desde la antigüedad, posiblemente durante la ofensiva del emir cordobés Muhammad I en 858. Fue reconstruido a mediados del siglo X por orden de Abderramán III, y el arco primitivo Fue reemplazado por el arco que se conserva hoy, posiblemente por falta de recursos en ese momento.
Durante el reinado de Alfonso X, en el año 1258, volvió a sufrir grandes daños, esta vez por una fuerte inundación, aunque fue reparado poco después.
Durante la Edad Media se utilizó para controlar las mercancías que llegaban a la ciudad, estableciendo su apertura con el tañido de las campanas del cercano Convento de las Concepción, y el cierre al toque del Ave María de la Catedral.
La torre interior se construyó en 1484 y la exterior en 1721, demoliendo una anterior, sin saber a ciencia cierta los motivos.
Fue declarado Monumento Nacional en 1921.